Elena Mendoza urodziła się w 1973 roku w Sewilli. W rodzinnym mieście studiowała germanistykę, następnie przeniosła się do Zaragozy, gdzie podjęła studia kompozytorskie i pianistyczne pod kierunkiem Heleny Catalán. Studia muzyczne kontynuowała w Augsburgu u Johna Van Burena, w Düsseldorfie u Manfreda Trohjana oraz w Berlinie u Hanspetera Kyburza. Otrzymała kilka stypendiów, m.in. Akademii Muzycznej we Frankfurcie. Obecnie mieszka i pracuje w Berlinie, jest profesorem kompozycji w tamtejszym Universität der Künste. Jej zainteresowania twórcze koncentrują się na walorach kolorystycznych i dramaturgicznych muzyki instrumentalnej. Poza tym interesuje się teatrem muzycznym oraz muzycznym aspektem mowy. Współpracowała z reżyserami teatralnymi w Niemczech i Hiszpanii. Jako wykonawczyni współpracowała z wieloma zespołami i orkiestrami, m.in. ensemble recherche, Klangforum Wien, Ensemble Modern, Vogler-Quartett, Ensemble Mosaik, Ensemble emex, Ensemble Taller Sonoro, Neue Vocalsolisten Stuttgart, Ensemble Ascolta, KNM Berlin, Ensemble espai sonor, Oper Nürnberg, Philharmonisches Orchester Freiburg, Orquesta Sinfónica de Madrid, Real Orquesta Sinfónica de Sevilla. Jej kompozycje były wykonywane na festiwalach, m.in. Ars Musica Brüssel, Wittener Tage für neue Kammermusik, Eclat Stuttgart, MärzMusik Berlin, Dresdner Tage der Zeitgenössischen Musik, Ultraschall Berlin, Nous Sons Barcelona, Acanthes Metz, Steirischer Herbst Graz, Musica Viva München, czy musicadhoy Madrid. Otrzymała wiele wyróżnień, m.in. stypendium Akademie Schloß Solitude (2008), Musikpreis Salzburg 2011, Kunstpreis Berlin 2017 oraz hiszpańską nagrodę Premio Nacional de Música 2010. Nagrała kilka płyt CD. Od 2009 jej partytury są wydawane przez oficynę Edition Peters.